Курс клінічної фармації було відкрито у 2003 році при кафедрі фармацевтичних дисциплін, завідувачем курсу був призначений доц. Кліщ І.М., першими викладачами - к.мед.н, Тюріна В.Ф. та к.мед.н. Бігуняк Т.В.  

У 2004 році курс було перейменовано у кафедру клінічних дисциплін з клінічною фармацією Засновником і завідувачем кафедри був доц. Кліщ Іван Миколайович. Колектив кафедри поповнився висококваліфікованими викладачами – доц. Марковим І.М., доц. Гаріян М.П. (працювала до 2014 року), к.мед.н. Цяпою Ю.М., к.мед.н. Мандзій З.П. 

У 2005-2006 навчальному році у зв’язку з реорганізацією кафедра була приєднана до кафедри фармакології, яка стала називатись кафедрою фармакології з клінічними фармакологією, фармацією і фармакотерапією. За цей час на кафедру прийшли проф. Єпішин А.В. (працював до 2009 року), доц. Лихацька В.О. (працювала до 2015 року), асистент Корильчук Т.Б.  Кафедра розташувалася на базі Тернопільської міської комунальної лікарні № 3. 

У 2007 році на базі курсу клінічної фармації була створена кафедра клінічної фармації, яку очолив д.біол.н., проф. Кліщ І.М. (сьогодні - проректор з наукової роботи), а з 2010 року завідувачем кафедри стала д.мед.н, проф. Самогальська О.Є. З 2009 року асистентом, а з 2012 - доцентом кафедри працює к.м.н. Мерецька І.В., з 2011 року асистентом кафедри працює к.м.н. Лобанець Н.В., у 2015 році після закінчення аспірантури асистентом кафедри став к.м.н. Шманько О.В.